Der Zweck und die Aufgaben der DGPT spiegeln sich in der Zusammensetzung der satzungsgemäß zu bildenden Gremien. Diese haben sich im Laufe der Jahrzehnte ihres Bestehens stetig weiterentwickelt. Dreh- und Angelpunkt ist die Mitgliederversammlung, welche die Mitglieder des Geschäftsführenden Vorstands beruft. Die 58 Institute sind im Gesellschaftsgefüge über ihre Vertreter im Beirat vertreten; die Landesverbände der DGPT entsenden ihre Vorsitzenden in den Länderrat der Gesellschaft. Die analytischen Fachgesellschaften DGAP, DGIP, DPG und DPV sowie das Netzwerk Freie Institute für Psychoanalyse und Psychotherapie (NFIP) sind im Erweiterten Vorstand durch jeweils einen Vertreter repräsentiert.

Die DGPT ist Mitglied der European Federation for Psychoanalytic Psychotherapy (EFPP). Diese vertritt als berufspolitische Dachorganisation Interessen der DGPT auf europäischer Ebene. Mitglieder sind Verbände aus 36 Ländern.